세무통 로고세무통
견적요청
|전문가
|질문답변
|전문가 블로그
|세무지식
|AI 상담
|AI 계산기
로그인무료 견적 받기
홈
전문가
견적요청
채팅
목록
Q&A

사업자등록 후 3.3% 사업소득과 세금계산서 병행 가능 여부

김*아
2026년 11월 2일조회 16
프리랜서로 한 회사와 계약해 웹 운영 업무 대가로 월 250만원과 추가 작업비를 사업소득 3.3% 원천징수 후 받고 있습니다. 같은 회사의 국가지원사업 웹 개발 건을 맡기 위해 일반과세자로 사업자등록을 할 예정이며, 개발 건은 별도 계약 후 세금계산서를 발행하려고 합니다. 1. 사업자등록 후에도 기존 운영 업무와 추가 작업비를 3.3%로 계속 받아도 됩니까? 2. 불가능하다면 전부 세금계산서로 전환해야 합니까? 3. 3.3%를 유지할 경우 부가세나 가산세 문제가 있습니까?

전문가 답변 3

김
김용태세무사
이룸세무회계·30분 전

안녕하세요. 이룸세무회계 김용태 세무사입니다. 기존 운영 업무가 새로 등록하실 업종과 성격이 같다면, 사업자등록 이후 공급분은 3.3% 원천징수 대신 부가세 별도의 세금계산서로 받으시는 쪽이 맞을 가능성이 높습니다. 3.3% 원천징수는 부가가치세가 면제되는 인적용역에 쓰는 방식입니다(소득세법 제127조, 같은 법 시행령 제184조). 인적용역은 물적시설 없이, 근로자를 고용하지 않고 독립적으로 제공하는 용역을 말합니다(부가가치세법 시행령 제42조). 웹 개발을 과세 업종으로 등록하면 같은 회사에 제공하는 비슷한 성격의 운영 업무도 과세 공급으로 볼 여지가 커집니다. 그러면 일부만 3.3%로 받는 구조는 설명하기 어려워집니다. 3.3%를 유지했는데 과세 공급으로 판단되면 부가세를 직접 부담하게 될 수 있습니다. 여기에 세금계산서 미발급 가산세(공급가액의 2%), 과소신고·납부지연 가산세가 붙을 수 있습니다. 회사도 매입세액을 공제받지 못하니 양쪽 모두에게 불리해질 수 있습니다. 소득세는 어느 방식이든 종합소득세 신고 때 합산되므로 차이가 크지 않습니다. 확인하실 것은 세 가지입니다. 첫째, 등록 시 업종코드를 무엇으로 정하는지입니다. 둘째, 운영 업무가 개발 건과 같은 성격인지, 그리고 직원이나 사무실 같은 물적시설이 있는지입니다. 셋째, 기존 계약을 등록일 기준으로 부가세 별도 금액으로 바꿀 수 있는지입니다. 전환하신다면 사업자등록일 이후 공급분부터 맞추는 것이 깔끔합니다.

전문가 프로필 보기
이
이정호세무사
한미세무회계사무소·약 12시간 전

안녕하세요. 한미세무회계사무소 이정호 세무사입니다. 문의하신 내용은 프리랜서로 일하시다가 사업자등록을 하시는 분들이 자주 궁금해하시는 부분입니다. 먼저 사업자등록을 한다고 해서 기존에 받던 3.3% 원천징수 방식이 무조건 불가능해지는 것은 아닙니다. 다만 중요한 것은 사업자등록 여부가 아니라 실제로 어떤 업무를 제공하고 있는지 입니다. 1. 기존 운영비 250만 원과 추가 작업 비 개인이 독립적으로 제공하는 일정한 인적용역이라면 기존처럼 3.3%를 공제하고 지급받을 수 있습니다. 하지만 웹사이트 운영이나 유지관리 업무가 계속적인 사업 형태로 이루어진다면 부가가치세 과세대상에 해당할 수 있으므로 확인이 필요합니다. 2. 신규 웹 개발 계약 국가지원사업과 관련된 웹 개발 업무는 별도 계약을 체결하고 세금계산서를 발행하는 방식으로 진행할 수 있습니다. 따라서 기존 업무와 신규 개발 업무의 성격이 서로 다르다면 세무처리도 구분할 수 있습니다. 다만 계약서를 별도로 작성했다고 해서 자동으로 인정되는 것은 아닙니다. 3. 부가세와 가산세 문제 가장 주의하실 부분입니다. 기존 운영 업무가 실제로 부가세 과세대상인데도 계속 3.3% 원천징수 방식으로만 처리한다면, 나중에 부가세와 가산세 문제가 발생할 수 있습니다. 반대로 적법한 면세 인적용역이라면 사업자등록 후에도 기존 방식을 유지할 여지가 있습니다. 결론적으로, 현재 상황에서는 모든 수입을 무조건 세금계산서로 전환하기보다는 기존 운영 업무와 신규 개발 업무를 구분하여 검토하는 것이 좋겠습니다. 이번 사례에 대해 사업자등록부터 계약 형태, 부가세 및 종합소득세 신고까지 연결해서 검토해 드릴 수 있습니다. 특히 기존 계약의 업무 내용과 신규 개발계약의 차이만 확인해도 어떤 방식으로 처리하는 것이 적절한지 보다 구체적으로 안내해 드릴 수 있으니, 사업자등록 전에 편하게 상담 받아 보시기 바랍니다. 한미세무회계사무소 | 이정호 세무사 한국 세무사 · 미국 IRS Enrolled Agent(EA) 상담전화: 02-3667-2304 / 010-2210-7346

전문가 프로필 보기
장
장재우공인회계사
창의회계법인·약 14시간 전

결론부터 말씀드리면, 같은 회사의 같은 웹 업무를 일부는 3.3%로, 일부는 세금계산서로 받는 것은 가능합니다. 다만, 해당 내용에 대해서 세무서 요청이 있을경우 부가세 관련 리스크가 존재하기 때문에 세금계산서 발행으로 통일하시는 것을 권장드립니다. 1. 3.3%를 계속 받아도 되는지 3.3%는 개인이 사무실이나 직원 없이 혼자 일해서 부가세가 면제될 때 쓰는 방식입니다. 면세인지는 계약서에 뭐라고 썼는지가 아니라 실제로 어떤 일을 했는지로 판단합니다. 웹 운영과 웹 개발은 같은 분야이고 거래처도 같습니다. 개발은 일반과세자로 하면서 운영만 면세 프리랜서라고 설명하기는 어렵습니다. 사업장을 신고해 사업자등록을 했다면 그곳이 집이라도 사업 설비를 갖춘 것으로 본 심판례도 있습니다. 강의나 원고처럼 성격이 전혀 다른 일이라면 사업자가 있어도 3.3%로 받을 여지가 있습니다. 2. 세금계산서로 바꾸는 방법 사업자등록일 이후에 한 일부터는 운영비와 추가 작업비 모두 세금계산서로 바꾸시면 됩니다. 이때 계약서의 금액을 '부가세 별도'로 고쳐 두세요. 월 250만 원이면 공급가액 250만 원에 부가세 25만 원을 더해 275만 원으로 발행합니다. 회사가 일반과세자라면 이 25만 원은 매입세액으로 공제받으니 회사 부담은 늘지 않습니다. 금액을 250만 원 그대로 두면 그 안에 부가세가 들어 있는 것으로 보기 때문에 매출이 약 227만 원으로 줄어듭니다. 그리고 3.3%를 미리 떼지 않으니 통장에 들어오는 돈은 늘지만, 그만큼 5월 종합소득세 때 한 번에 내야 합니다. 세금 낼 돈을 따로 모아 두세요. 3. 3.3%를 유지하면 생기는 문제 소득세는 문제가 없습니다. 3.3%로 받든 세금계산서로 받든 5월에 합쳐서 정산하기 때문입니다. 문제는 부가세입니다. 세무서가 운영 업무도 부가세를 내야 하는 일로 보면 아래를 한꺼번에 내야 합니다. 부가세: 받은 돈 안에 부가세가 들어 있는 것으로 보고 그 110분의 10을 냅니다. 월 250만 원이면 매달 약 22만 7천 원을 본인이 부담하게 됩니다. 세금계산서 미발급 가산세: 공급가액의 2% 과소신고가산세 10%, 그리고 늦게 낸 기간만큼 붙는 납부지연가산세 개발 건 때문에 어차피 부가세 신고를 하시게 됩니다. 처음부터 운영과 개발을 한 사업으로 묶어 세금계산서로 처리하시는 편이 깔끔합니다. 창의회계법인 장재우 회계사 010-8402-6818

전문가 프로필 보기

서비스

  • 세무사 비교견적
  • 찰칵견적
  • 빠른 세무상담
  • 세무사 찾기
  • AI 세금 계산기
  • AI 세무상담

세금 정보

  • 세금 계산 사례
  • 세금 Q&A
  • 세무지식
  • 질문답변
  • 이용 후기
  • 자주 묻는 질문

수수료 견적 통계

  • 세무사 수수료 총정리
  • 개인사업자 기장료
  • 법인 기장료
  • 양도소득세 수수료
  • 종합소득세 수수료
  • 상속세 수수료
  • 증여세 수수료
  • 세무사 상담 비용

지역별 세무사

  • 서울
  • 경기
  • 인천
  • 부산
  • 대구
  • 대전
  • 광주
  • 울산
  • 세종
이용약관|개인정보처리방침|전문가

(주)세무통 · 대표이사: 김인수 · 사업자등록번호: 818-86-00308

© 2026 SEMUTONG

서비스

  • 세무사 비교견적
  • 찰칵견적
  • 빠른 세무상담
  • 세무사 찾기
  • AI 세금 계산기
  • AI 세무상담

세금 정보

  • 세금 계산 사례
  • 세금 Q&A
  • 세무지식
  • 질문답변
  • 이용 후기
  • 자주 묻는 질문

수수료 견적 통계

  • 세무사 수수료 총정리
  • 개인사업자 기장료
  • 법인 기장료
  • 양도소득세 수수료
  • 종합소득세 수수료
  • 상속세 수수료
  • 증여세 수수료
  • 세무사 상담 비용

지역별 세무사

  • 서울
  • 서울 강남구
  • 서울 서초구
  • 서울 영등포구
  • 서울 송파구
  • 서울 금천구
  • 서울 강서구
  • 서울 마포구
  • 서울 성동구
  • 서울 구로구
  • 서울 양천구
  • 경기
  • 경기 성남시
  • 경기 화성시
  • 경기 수원시
  • 경기 부천시
  • 인천
  • 부산
  • 대구
  • 대전
  • 광주
  • 울산
  • 세종
이용약관개인정보처리방침전문가로 이용하기

(주)세무통은 통신판매중개자로서 통신판매의 당사자가 아니며, 개별 판매자가 제공하는 서비스에 대한 이행, 계약사항 등과 관련한 의무와 책임은 거래당사자에게 있습니다.

(주)세무통 · 대표이사: 김인수 · 사업자등록번호: 818-86-00308 · 통신판매업신고: 2017-안양동안-0615

주소: 서울특별시 금천구 가산동 가산디지털 1로 142, 1310호 · 개인정보책임관리자: 김인수 · 이메일: tax@semutong.com

© 2026 SEMUTONG. All rights reserved.