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프리랜서 3.3%로 계속 일할까, 사업자등록을 할까?

김영훈세무사
2026년 10월 2일조회 0

안녕하세요, 세무법인 플랜비 김영훈 세무사입니다. 프리랜서로 일하다 수입이 늘면 지금처럼 3.3%만 떼고 받을지, 사업자등록을 할지 고민하게 됩니다.

사업자등록을 하면 달라지는 것도 있고 그대로인 것도 있습니다. 오늘은 부가가치세, 장부와 경비, 창업 세액감면, 건강보험 순서로 정리했습니다.

3.3% 프리랜서의 세금

3.3% 원천징수: 저술, 강연, 번역처럼 개인이 사업용 시설 없이 직원을 두지 않고 혼자 제공하는 인적용역은 부가가치세가 면제됩니다. 대가를 주는 회사가 소득세 3%와 지방소득세 0.3%를 떼고 지급하고, 이 3.3%는 미리 낸 세금이라 다음 해 5월 종합소득세 신고에서 정산합니다.

  • 부가가치세: 면세라 부가가치세를 신고·납부하지 않습니다. 그 대신 일하면서 쓴 비용에 붙은 부가가치세를 공제받지 못합니다.
  • 장부와 경비: 사업자등록을 하지 않아도 세법상 사업자라 장부를 적을 의무가 있습니다. 직전 연도 수입금액이 3,600만 원 이상이면 장부 없이 신고할 때 단순경비율을 적용받지 못합니다. 인적용역 프리랜서는 대개 직전 연도 수입금액이 7,500만 원 이상이면 복식부기로 장부를 적어야 합니다.

사업자등록을 했을 때의 변화

프리랜서도 세법에서는 사업소득이 있는 사업자입니다. 그래서 사업자등록을 한다고 소득세 계산 방식이 바뀌지는 않습니다. 부가가치세는 등록 자체가 아니라 사업용 시설을 두거나 직원을 고용하는지에 따라 달라집니다.

  • 시설·직원 없이 등록하는 경우: 용역이 그대로 면세라 면세사업자로 등록됩니다. 부가가치세를 받지 않고 쓴 비용에 붙은 부가가치세도 공제받지 못하며, 세금계산서는 발급할 수 없습니다.
  • 시설을 두거나 직원을 고용하는 경우: 사업에만 쓰는 사무실·설비를 갖추거나 직원을 고용하면 면세 인적용역에서 벗어나 과세사업자로 등록해야 합니다. 대가에 부가가치세 10%를 붙여 세금계산서를 발급하고, 3.3% 원천징수는 하지 않습니다.
  • 매입세액 공제: 과세사업자는 사업에 쓴 비품, 임차료 등에 붙은 부가가치세를 공제받거나 환급받습니다. 비영업용 승용차의 구입·유지 비용에 붙은 부가가치세는 공제되지 않습니다.

창업중소기업 세액감면

조세특례제한법 제6조: 법에 열거된 업종으로 2027년 12월 31일까지 창업하면 5년간 소득세를 감면받습니다. 2026년 이후 창업한 청년의 감면율은 수도권 밖이나 수도권 인구감소지역이면 100%, 수도권과밀억제권역이면 50%, 그 밖의 수도권이면 75%입니다. 청년이 아니어도 연 수입금액이 1억 400만 원 이하인 해에는 같은 비율로 감면받습니다.

원천징수되는 사업소득만 있던 프리랜서가 감면 업종으로 사업자등록을 하고 사업을 시작하면, 요건을 갖춘 경우 이 감면을 받을 수 있다는 국세청 해석이 있습니다. 감면 업종이어야 하므로 소프트웨어 개발, 디자인, 번역은 대상이 될 수 있지만 작가·배우 같은 자영예술가, 강사, 보험설계사는 대상이 아닙니다. 실제로 하는 일이 한국표준산업분류에서 어디에 속하는지로 판단합니다. 다른 사람의 사업을 넘겨받거나 기존 사업에 업종을 추가하는 것처럼 창업으로 보지 않는 경우에도 감면받지 못합니다.

결정을 위한 체크리스트

  1. 수입금액 규모: 직전 연도 수입금액 3,600만 원과 7,500만 원은 경비율과 장부 의무가 바뀌는 기준이고, 사업자등록 여부와는 관계가 없습니다.
  2. 지출 비중: 과세사업자가 되면 장비 구입, 사무실 임차에 붙은 부가가치세를 공제받지만, 받는 대가에도 부가가치세 10%를 붙여 신고·납부해야 합니다.
  3. 거래처의 요구: 거래처가 세금계산서를 요구하는지 확인합니다. 세금계산서는 과세사업자만 발급할 수 있고, 시설·직원 없이 등록한 면세사업자는 발급할 수 없습니다.
  4. 감면 대상 여부: 하는 일이 창업감면 업종인지, 창업 당시 15세 이상 34세 이하인 청년인지 확인합니다. 병역을 마쳤다면 그 기간은 나이에서 뺍니다.
ℹ️
과세사업자로 등록할 때 연 매출(공급대가)이 1억 400만 원에 못 미칠 것으로 예상되면 간이과세자로 등록할 수 있습니다. 다만 전문·과학·기술 서비스업과 사업지원 서비스업은 최종소비자를 직접 상대하는 일부 업종 말고는 간이과세를 적용받지 못합니다. 새로 시작한 간이과세자는 첫해에 세금계산서를 발급할 수도 없습니다.
⚠️
가족의 직장 건강보험에 피부양자로 올라 있다면 사업자등록 전에 자격을 확인합니다. 사업자등록이 없으면 사업소득금액(수입에서 필요경비를 뺀 금액)이 연 500만 원 이하일 때 피부양자로 남을 수 있지만, 사업자등록을 하면 사업소득금액이 조금이라도 있을 때 피부양자 자격을 잃습니다. 이미 지역가입자라면 보험료는 소득과 재산으로 계산하므로 사업자등록만으로 달라지지 않습니다.
💡
사업자등록을 하지 않더라도 일하면서 쓴 비용의 증빙을 모으고 장부를 적으면 실제 경비를 인정받습니다. 수입이 늘어 단순경비율을 적용받지 못하는 해부터는 장부를 적는 편이 유리한 경우가 많습니다.

사업자등록을 해도 소득세 계산 방식은 같고, 부가가치세와 세액감면, 건강보험 피부양자 자격이 달라질 수 있습니다. 시설·직원 계획, 하는 일의 업종, 창업 지역에 따라 결론이 다릅니다.

사업자등록 전에 세무사와 상의해 정하시기 바랍니다. 지금까지 세무법인 플랜비 김영훈 세무사였습니다.

김
김영훈세무사

이 글을 작성한 전문가입니다

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