양도소득세 관련 질문

어머니 아버지가 1999년에 서울에 아파트를 매매하셧고(아버지명의), 20년 이상 지난 지금, 4억2천 이상의 집값이 올랐습니다. 그런데 아버지가 지금 서울집을 전세를 두고싶어 하셔요... 그래서 그렇게 받은 전세값과 어머니가 가지고 계신 돈을 합치어 의정부에 3억1천짜리 아파트 매매를 하시려 합니다.. (어머니 명의로) 그런데 이렇게 되면 1가구 다주택자로 포함이 돼서 나중에 양도소득세 관련해서 문제가 생기지 않나 해서 여쭤봅니다. 혹시 이렇게 되면 나중에 20년 넘게 거주한 서울집을 매도하거나 증여하실때 양도 소득세가 비과세가 아닌게 맞는건지요??