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[전자상거래업] 창업중소기업세액감면에 대해 알아보기 [2026년 이전 개업사업자 기준]

한주용세무사
2026년 6월 21일조회 1



안녕하세요

한택스 세무회계 한주용 세무사입니다.

오늘은 전자상거래업으로 처음 창업하는 경우 법인세 또는 소득세를 5년동안 100%(또는 50%)를 감면해주는 제도인 창업중소기업세액감면을안내드리고자 합니다.

해당 감면은 2026년 1월 1일 이후 창업과 이전 창업이 다르게 적용되며, 오늘 블로그는 2026년 1월 1일 이전에 창업하신 사업자에게 적용되는 창업중소기업세액감면입니다.


해당 제도는 현재 존재하는 감면제도 중 가장 강력하지만 그만큼 요건이 까다롭고 세무조사시 추징되는 사례가 많아 반드시 상세사항을 숙지하고 있는 세무사로부터 검토를 받은 후 적용을 진행해야 합니다.



창업중소기업세액감면의 요건과 혜택


창업중소기업세액감면은 전자상거래업으로 처음 창업하여야 하며, 대표자의 청년 여부와 어느 지역에서 창업을 진행하였는지에 따라 다음과 같이 구분됩니다.


구 분수도권 과밀억제권역 외에서 창업수도권 과밀억제권역 내에서 창업
청년 대표자5년간 법인세 또는 소득세 100% 감면5년간 법인세 또는 소득세 50% 감면
일반 대표자5년간 법인세 또는 소득세 50% 감면해당없음


이처럼 대표자의 청년 여부와 사업장이 수도권과밀억제권 내의 지역인지 외의 지역인지에 따라

감면율이 다르므로 상세한 요건에 대해 알아볼 필요가 있습니다.

  • 청년의 요건


만 34세 이하인 자를 청년이라고 하며, 병역을 이행한 경우에는 해당 기간만큼을 현재 나이에서 차감하여 계산합니다.


개인사업자인 경우 청년이 대표자여야 하며, 공동사업자인 경우 청년이 가장 높은 손익분배비율을 보유해야 합니다.


법인사업자인 경우 청년이 등기된 대표이사면서 지배주주 및 최대주주(최대출자자)여야 합니다.



  • 수도권 과밀억제권역이란?


수도권 과밀억제권역은 다음의 지역을 의미합니다.


(1) 서울특별시 전체


(2) 인천광역시

* 다만, 강화군, 옹진군, 서구(대곡동, 불로동, 마전동, 금곡동, 오류동, 왕길동, 당하동, 원당동), 송도, 청라 및 남동 국가산업단지는 수도권과밀억제권역 외로 분류됩니다.


(3) 경기도 중 의정부시, 구리시, 남양주시(호평동, 평내동, 금곡동, 일패동, 이패동, 삼패동, 가운동, 수석동, 지금동 및 도농동), 하남시, 고양시

수원시, 성남시, 안양시, 부천시, 광명시, 과천시, 의왕시, 군포시, 시흥시(반월특수지역 및 반월특수지역에서 해제된 지역 제외)



  • 처음으로 창업한 경우란?


처음으로 창업한 경우란 해당 업종으로 처음 창업한 경우를 의미합니다.


예를들어 과거 제조업으로 창업이력이 있는 대표자가 전자상거래업종으로 새로 창업하는 경우에는 처음 창업으로 인정됩니다.


구체적으로 처음 창업으로 인정되지 않는 사유는 다음과 같습니다.


① 사업의 양수등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우 (다만, 일정한 경우에는 제외)

② 개인사업자가 본인의 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

③ 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

④ 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우


따라서 위의 4가지 경우를 제외하고 처음 창업하는 경우에는 인정됩니다.



관련하여 가장 많은 문의가 발생하는 사례를 소개하자면 다음과 같습니다.


※ 전자상거래업으로 개인사업자를 운영하는 대표자가 다른 지역에서 전혀 다른 상품을 판매하는 전자상거래 법인을 설립하는 경우 새로운 창업으로 인정 (다만, 다른지역에 개인사업자를 새로 설립하는 경우에는 창업으로 인정하지 않음)


※ 과거에 전자상거래업으로 사업자등록을 한 이력이 있으나, 실질적으로 운영하지 않고 설립한지 얼마지나지 않아 폐업한 경우로써 새로 전자상거래업을 설립하는 경우에는 처음 창업으로 인정됩니다.


* 처음창업에 대한 부분은 가장 많이 다툼이 있는 사항이므로 반드시 전문 세무사의 도움을 받아야 합니다.




⚠️ 주의: 창업중소기업세액감면시 주의사항


창업중소기업세액감면은 5년동안 최대 100%의 법인세 또는 소득세 감면이라는 매력적인 제도이다보니 실제 적용이 되지 않음에도 불구하고무분별하게 적용함으로써 세무조사 및 추징이 된 사례가 많습니다.


따라서, 이러한 사례를 잘 숙지하여 불의의 피해가 없도록 하는 것이 중요하다고 볼 수 있습니다.



  • 사례 1 : 비상주사무실에서 전자상거래업을 운영하여 감면이 추징된 사례


세법상 사업장이라 함은 고정된 장소에서 거래를 하는 경우를 의미합니다. 비상주사무실 중 고정된 지정석 없이 출근시 좌석이 배정되는 경우 국세청은 해당 사업장이 세법상 요건을 미충족한 것으로 보고 직권 폐업 및 감면금액을 추징하는 경우가 있습니다.


  • 사례 2 : 실제 근무지는 서울이나 사업장 주소만 용인으로 등록하여 감면이 추징된 사례


창업중소기업세액감면은 수도권과밀억제권역 내/외 여부에 따라 감면율이 변경되므로 해당 지역에서 실제 업무를 진행했는지가 중요합니다.

따라서 국세청은 수도권과밀억제권역 외에서 사업자등록을 진행하였지만 실제로는 수도권과밀억제권역 내에서 사업을 진행하는 경우에 대해 지속적으로 세무조사를 진행하고 있습니다.


해당 지역에서 실제 사업을 진행하였는지 여부는 보통 다음을 통하여 파악하고 있습니다.


① 사업용카드가 해당 지역에서 이용한 내역

② 대표자가 해당 사무실로 출퇴근한 내역 (블루투스 출퇴근 기록 / 하이패스 내역 등)

③ 세금계산서 발행 및 업무시 사용된 IP 주소

④ 관리실 직원 등 주변인의 증언


만약 본인이 서울 등에서 수도권과밀억제권역 외로 출퇴근 하는 경우 미리 해당 내역을 준비할 필요가 있습니다.



  • 사례 3 : 사업용계좌등록 및 현금영수증가맹 등록을 하지 않은 경우


창업중소기업세액감면을 적용받기 위해서는 사업용계좌등록 및 현금영수증가맹 등록을 진행하여야 합니다.

모두 홈택스에서 등록이 가능하며, 되도록 개업과 동시에 등록하시는 걸 추천드립니다.

해당 등록을 이행하지 않아 창업중소기업세액감면을 추징당하는 사례도 많으니 반드시 숙지해야 합니다.





마치며..



창업중소기업세액감면의 법적 요건은 매우 포괄적으로 규정되어 있어 다양한 예규와 판례를 숙지하고 있는 전문 세무사에게 상담을 받아야 추후에 불이익을 방지할 수 있습니다.


창업중소기업세액감면에 대하여 수년간 연구하고 세무조사 대응을 한 풍분한 경험을 가진 세무사가 상세하게 상담드리겠습니다.

언제든지 연락부탁드립니다.


감사합니다.



한
한주용세무사

이 글을 작성한 전문가입니다

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