임금을 못받았는데 원천세신고를 전 직장에서 하였습니다.

안녕하세요 퇴직금 및 급여를 지급을 받지 못한 상태에서 전 회사에서 급여신고를 하였습니다. 세무서에 전화해보니 임금은 지급 받지 못하였어도 근로를 하였으므로 종합소득세 신고 납부를 하여야 한다고 해서 종합소득세 신고를 하고, (이것도 잘 신고한지 모르겠습니다.) 납부기한 연장신청을 하였습니다. 제가 여쭈어볼 것은, 임금을 받지 않았는데 급여신고를 한 건에 대해서 세무적으로 무효 처리할수 있는 사항이 있는지 궁금합니다. 참고로 근로는 하였지만, 임금은 받지 못한 상태입니다. 법원 소송에 판결문에 승소도 하였지만, 연락두절 대표는 임금소송 외에 사기건으로 고소가 되어 있는 상태입니다.