안녕하세요. 위너스(WINNERS) 세무회계 배병직 세무사입니다. 1층을 카페 임대용으로 사용한다면 상가 임대는 부가가치세 과세사업이므로, 일반과세자로 등록하여 1층 임대사업에 귀속되는 건축비 등의 매입세액은 공제·환급을 받을 수 있습니다. 다만 2·3층을 종교시설로 직접 사용하는 경우에는 과세 임대사업에 사용되는 부분이 아니므로 해당 부분의 건축비 부가세까지 전액 환급받기는 어렵습니다. 건물 전체에 공통으로 발생한 철거비·건축비 등은 실지귀속을 우선 구분하고, 구분하기 어려운 공통매입세액은 신축건물의 과세사업·면세사업 등 예정사용면적 비율 등을 기준으로 안분하여 환급액을 계산하게 됩니다. 따라서 건축비 10억원의 부가세 1억원 전액을 환급받는 구조라기보다는 1층 임대사업에 해당하는 비율만 환급받는 것으로 보시는 것이 맞습니다. 신축에 따른 매입세액 환급이 큰 상황에서는 간이과세보다 일반과세자로 진행하는 것이 일반적으로 유리하며, 공사계약 및 세금계산서 수취 단계부터 과·면세 사용면적을 구분하여 관리하시는 것이 좋습니다. 추가로 확인이 필요하시거나 궁금하신 사항이 있으시면 상담 신청해 주시면 자세히 안내드리겠습니다. 감사합니다.
