농어촌 주택 보유 시 신규 주택 취득세 중과 여부 및 절세 방법 문의

아버지 명의로 강원도 원주시 귀래면(부귀로 1247)에 있는 농어촌 주택 1채를 보유하고 있습니다. 해당 주택은 과거 할아버지께서 생전에 명의를 이전해 주신 것으로 알고 있으며, 2025년 기준 공시가격은 약 1억 500만 원입니다. 현재 아파트를 매수 계약한 상태이며 잔금만 남겨두고 있습니다. 그런데 기존 농어촌 주택 때문에 2주택자로 판단되어 취득세가 약 3천만 원 수준까지 발생할 수 있다는 이야기를 들었습니다. 이 경우 기존 농어촌 주택이 취득세 산정 시 주택 수에서 제외될 수 있는지, 농어촌주택 특례 또는 취득세 중과 배제 규정 적용이 가능한지 궁금합니다. 또한 잔금 지급 전 취득세를 줄일 수 있는 합법적인 절세 방법이 있는지, 현재 상황에서 가장 유리한 방법이 무엇인지 상담받고 싶습니다.